Oi Ana,
isso já aconteceu várias vezes em um dos clientes aqui. Normalmente é difícil de detectar, pois o status no ERP está ok, i.e., com a bandeira quadriculada normal.
Para saber o que acontece, você deve ir na classe /XNFE/CL_NFE_OUTB_MONITOR_***, método ACTION_CONTINUE_PROCESS.
Simplesmente ele chama o FM /XNFE/OUTNFE_PROCFLOW_EXECUTIO e se o sy-subrc é 0 ele muda o status para OK e salva o novo status.
Ainda não consegui descobrir por qual motivo isso acontece... por enquanto suspeito de algum lock nas tabelas, mas é só um chute.
Att.,
Luis